この問題は、Windows8 あたりから発生しているものです。 Direct X のバージョンが新しいと発生します。 革新をWindowsモードで起動することでこのちらつきを解消することが出来ます。
レジストリエディタ(regedit)で HEKY_CURRENT_USER\Software\KOEI\Nobunaga12PK\Config\FULLSCREEN の値を0に設定し、ウィンドウモードでプレイしてください。
30周年記念版の場合は、場所が異なります。 HEKY_CURRENT_USER\Software\TecmoKoei\Nobunaga12anniv\Config\FULLSCREEN という項目の値を0に設定し、ウィンドウモードでプレイしてください。 又、同様に、WIDTHの項目を640(=10進数にすると1600のこと)などにすると、画面が広く使えます。